Продюсеры Уолтер Хилл и Дэвид Гайлер присоединились к Ридли Скотту впервые за последние 30 лет, с момента их первого сотрудничества, когда они работали над фильмом «Чужой» (1979).
Ридли Скотт решил не показывать ксеноморфов в фильме, потому как «сиквелы выжали из них максимум, и всё было отлично… но я никоим образом не собираюсь к ним возвращаться». Фильм всё же является косвенным приквелом к «Чужому» (1979), и Скотт решил показать предков чужих, родителей ксеноморфов.
Джемма Артертон, Кэри Маллиган, Оливия Уайлд, Энн Хэтэуэй, Эбби Корниш и Натали Портман рассматривались на роль доктора Элизабет Шоу.
Роль Чарли Холлоуэя могла достаться Джеймсу Франко.
Изначально, фильм должен был стать приквелом фильма «Чужой» (1979), режиссером которого также является Ридли Скотт. Но им же было принято решение сделать «Прометей» оригинальным фильмом с Нуми Рапас (она ещё тогда была заявлена на роль), которая в итоге стала исполнительницей одной из пяти главных ролей. Спустя время было утверждено, что, несмотря на то, что действие фильма будет происходить в той же вселенной, что и «Чужой» (1979) и во многом ссылаться на него, фактически это будет оригинальный фильм, не являющийся прямым приквелом.
Мишель Йео рассматривалась на роль Мередит Викерс.
По слухам, Бен Фостер мог получить одну из ролей в фильме.
Г.Р. Гигер создавший внешний вид ксеноморфа для «Чужого» (1979) был приглашен консультантом по дизайну чужих для этого фильма.
Чтобы подчеркнуть загадочный характер Мередит Викерс, Ридли Скотт объяснял Шарлиз Терон как замирать, затаившись в углу, и скрытно передвигаться.
Ридли Скотт назвал фильм «Прометей», посчитав, что именно такое название полностью отражает его суть: «Это история создания; история о богах и человеке, который восстал против них». В древнегреческой мифологии слуга богов титан Прометей похитил огонь и передал его людям, что навсегда изменило жизнь человечества к лучшему и худшему одновременно.
В процессе создания фильма Ридли Скотт старался прибегать к помощи компьютерной графики как можно реже, используя ее главным образом в пространственных сценах. Скотт вспомнил совет специалиста по визуальным эффектам Дугласа Трамбалла, который тот дал ему во время съемок фильма «Бегущий по лезвию» (1982): «Если ты можешь сделать это в живую, делай это в живую», а также заявил, что реальные визуальные эффекты гораздо более рентабельны, чем цифровые.
Для раскрутки фильма была использована инновационная вирусная рекламная кампания, состоящая из нескольких видеороликов изображающих мир в ближайшем будущем из фильма. Первым был ролик с речью Питера Уэйланда (Гай Пирс) на конференции «TED», от 2028 года. Затем вышли две различные версии рекламы андроида «David 8» (Майкл Фассбендер). Эти видеоролики были придуманы Ридли Скоттом и Дэймоном Линделофом, а поставлены Люком Скоттом (сыном Ридли).
Ридли Скотт предложил актерам «пожить» в декорациях на съёмочной площадке, но этого не произошло из-за нарушений по технике безопасности и возможной угрозы здоровью актеров.
Шведская актриса Нуми Рапас много тренировалась для своей роли, чтобы говорить с британским акцентом.
Логан Маршалл-Грин охарактеризовал свою роль Чарли Холлоуэя как специалиста по всемирным экстремальным играм с кабельного спортивного канала «ESPN», который смотрит, прежде чем прыгает.
Шарлиз Терон пришлось нелегко во время съёмок экшн-сцен из-за привычки к курению, особенно во время сцен, где ей нужно было бегать по песку в обуви весом четырнадцать килограмм.
Первоначально фильм должен был называться «Рай», так планировалось в декабре 2010 года.
Оператор Дариуш Вольски убедил Ридли Скотта, что фильм можно снять в 3D с той же легкостью и эффективностью, как и обычный фильм. Компания «3ality Technica» предоставила оборудование для облегчения 3D-съемки и обучала персонал работе с ним. Так как съёмки 3D-фильмов требуют более высокого освещения на съёмочной площадке, темная мрачная атмосфера, присущая фильмам о чужих, была добавлена на завершающем этапе.
В фильме содержится около 1300 кадров со спецэффектами.
Ридли Скотт заявил, что он снимал «самый агрессивный фильм, что мог» не думая о рейтингах MPAA, имея поддержку от главного исполнительного директора «20th Century Fox» Тома Ротмана, который обратился к поклонникам «Чужого»(1979), заявив, что он «очень хорошо понимает их озабоченность», и что «они могут быть уверены, что фильм не будет скомпрометирован. Так что, если это означает, что фильм получит рейтинг R, то это будет R. Если это будет PG-13, то PG-13, но фильм не пострадает от этого в любом случае». Скотт снял фильм, помня про оба рейтинга(R и PG-13), позволяя в случае необходимости урезать более «взрослые» моменты без ущерба для общего представления. В конце концов, фильм был отнесен к категории R за «научно-фантастическую» жестокость, наряду с откровенными кадрами и грубыми выражениями» и был выпущен без каких-либо сокращений.
7 мая 2012 года, Гильермо дель Торо заявил, что его длинная запланированная подготовка для фильма «Хребты безумия» была отложена на неопределенный срок, как только он почувствовал, что подход в фильме Ридли Скотта был очень схож с тем, как он работал над повестью Лавкрафта, вплоть до того, что «были бы почти идентичные сцены, одинаковые ветви сюжета и точно такие же откровения в конце».
Имена андроидов в фильмах о чужих идут в алфавитном порядке: Ash в «Чужом»; Bishop в «Чужих» и «Чужом 3»; Call в «Чужом: Воскрешение». В «Прометее» - David.
При подготовке к роли Дэвида Майкл Фассбендер посмотрел такие фильмы как: «Бегущий по лезвию» (1982), «Человек, который упал на Землю» (1976), «Слуга» (1963) и «Лоуренс Аравийский» (1962). Фассбендер также изучал олимпийского чемпиона по прыжкам в воду Грега Луганиса, черпая вдохновение в его физических качествах.
По словам Ридли Скотта, вдохновением к сюжету фильма послужили работы Эриха фон Дэникена о пребывании в далеком прошлом на Земле инопланетных космонавтов: «И NASA, и Ватикан согласны, что математически это почти невозможно, чтобы мы были там, где находимся сегодня, без наличия небольшой помощи на этом пути. Вот что нас интересует: мы говорим о богах и инженерах, инженерах пространства. Были ли чужие задуманы как форма биологического оружия, или как нечто, что придет и очистит планету?».
Сцена, которая открывает фильм, была отснята в Исландии. Вся съемка заняла две недели.
Во время полёта Дэвид смотрит картину Дэвида Лина «Лоуренс Аравийский» (1962) и пытается повторить прическу главного героя в исполнении Питера О'Тула.
Ридли Скотт обратился в Лондонский Университет по изучению стран Востока и Африки, чтобы найти специалистов, которые могли бы помочь в создании нового языка для фильма. В итоге Анил Бильту (Anil Biltoo), из языкового центра этого университета, взялся за работу по созданию языка, а так же письменности чужих, которую можно видеть на протяжении всего фильма. Самого Анила можно увидеть в сцене с Майклом Фассбендером.